نخستین فرضیه‌های مربوط به منشأ و جریان آبهای زیرزمینی را به رومیان و یونانیان نسبت می‌دهند که طی قرنها توسعه یافته‌اند. 3 نوع طرز تفکر کلی از این نظریه‌ها می‌توان استخراج کرد:
الف- منشأ اقیانوسی آبهای زیرزمینی
مثلاً تالس ملطی (650 سال قبل از میلاد مسیح) تصور می‌کرد که آب دریا به وسیله باد به حرکت درمی‌آید و در زیر زمین خشکی‌ها نفوذ کرده و فشار صخره‌ها موجب بالا آمدن آب زیرزمینی و پیدایش چشمه‌ها می‌شود. این نظریه حتی در سال 1665 میلادی توسط کیشر هلندی تایید شده است.
ب- ظهور آبهای زیرزمینی به وسیله تراکم بخار آب در زیر زمین
مثلاً ارسطو (284-322 قبل از میلاد مسیح) تصور می‌کرد که بخار آب زمین در حفره‌های سرد شده کوه‌ها متراکم و به آب تبدیل شده و دریاچه‌های زیرزمینی را تشکیل می‌دهند که چشمه‌ها را تغذیه می‌کنند. عقیده وی نیز تا سال 1877 همراه با ولژه دنبال شده است.
ج- منشأ جوی آبهای زیرزمینی به وسیله نفوذ آب باران
این تئوری واقع‌بینانه‌تر، تا حدودی در کارهای زئوفراستوس، که با ارسطو همزمان بود، نمایان است. همچنین از نظر ویترو (یک قرن قبل از میلاد) که معمار بود تشکیل چشمه‌ها به وسیله نفوذ آب باران و ذوب برفها به داخل زمین تا رسیدن به یک لایه سنگی و یا رسی انجام می‌شود. این تئوری توسط لئوناردو داوینچی (1519-1452 میلادی) کاملاً تصریح شده است. اولین درک روشن از موضوع آب و آّب‌شناسی در سال 1570 میلادی به برنارد پالیسی باز می‌گردد که تصدیق می‌کند آبهای زیرزمینی فقط از نفوذ آبهای باران در خاک و توقف آنها در اعماق به وسیله لایه‌های رسی حاصل می‌شوند. وی در رساله ستایش آمیزش از نوع آبها و چشمه‌ها خواه طبیعی، خواه مصنوعی (چاپ پاریس در 1570) تعبیر صحیحی از چرخه آب و به ویژه از تغذیه چشمه‌ها از بارانها می‌دهد. پرو و ماریوت (قرن 17 میلادی) تعادل بین بارشهای جوی و جریانات را به اثبات رساندند. این امر، پایه و اساس استقرار اولین بیلان آب و نقش نفوذ آب در زمین به شمار می‌رود. پرو (1674) در رساله خود تحت عنوان «منشأ چشمه‌ها» با اندازه‌گیری دقیق در حوضه بالایی رودخانه سن نشان می‌دهد که بارشهای جوی به تنهایی برای تأمین دبی رودخانه‌ها و چشمه‌ها کافی می‌باشد.
قرآن در آیه 21 سوره زمر و آیه 18 سوره مؤمنون به آبهای زیرزمینی و ذخیره آب باران در زمین اشاره نموده است:
أَلَمْ تـَرَ أَنَّ اللَّهَ أَنْـزَلَ مِـنَ السَّـمـاءِ مـاءً فـَسـَـلَـکـَهُ یَـنابـِیـعَ فِی الاَرْضِ ثُمَّ یُخْرِجُ بِهِ زَرْعًا مُّخْتَلِفًا ...[1]
«آیا نمی‌بینی کـه خـدا از آسمان آبی نـازل گردانید و آن را به شکل چشمه‌هایی وارد زمین ساخت و آنگاه انواع نباتات بدان برویاند ...»
وَأَنْـزَلْـنَـا مِنَ السَّمَاءِ مَاءً بـِقَـدَرٍ فَأَسْـکَـنَّاهُ فِی الْأَرْضِ وَإِنَّا عَلَی ذَهَابٍ بِهِ لَقَادِرُونَ[2]
«و از آسمان، آبی به اندازه فرو فرستادیم، پس آن را در زمـیـن جـای دادیم و همانا در برگرداندن آن قـادریـم»
از آیات فوق نکته‌های زیر در مورد ذخیره آب در زیر زمین استفاده می‌شود:
1- خداوند پوسته رویی زمین را به گونه‌‌ای آفرید که چون باران فرود آید، آب در آن نفوذ می‌کند و در زیر زمین انباشته می‌گردد و به سفره‌های بزرگی از آب تبدیل می‌شود. امام باقر (ع) نیز فرموده‌اند: «آبی در زمین وجود ندارد مگر اینکه آب آسمان با او ترکیب یافته است»[3].
2- آب باران به صورت آرام آرام به درون زمین راه می‌یابد و به مخزن‌های بزرگ ذخیره می‌پیوندد. کلمه «سلوک» که در آیه اول استفاده شده به معنای پیمودن و رفتن تدریجی و کم‌کم و در این آیه به معنای دخول و نفوذ تدریجی آب در داخل زمین است که از ویژگیهای سطح زمین و باران نشأت می‌گیرد. امام صادق (ع) در این باره می‌فرمایند:
«چون خداوند مقرر فرمود که باران از بالا فرو بارد، مقدر ساخت که قطره‌قطره بریزد تا به درون زمین راه یابد و در آن فرو رود تا زمین را سیراب گرداند. اگر به یک دفعه می‌ریخت به داخل زمین نفوذ نمی‌کرد و گیاهان و درختان را می‌شکست»[4]
3- همین آبهای ذخیره شده در زمین است که به قناتها، چشمه‌ها وچاه‌های آب تبدیل می‌شود. به عبارت دیگر همین آبهای برف و باران است که قناتها، چشمه‌ها، نهرها و چاه‌های آب را به وجود می‌آورد. در برخی روایات، این مطلب به طور بسیار روشنی بیان شده است. علامه مجلسی پس از نقل روایات متعدد درباره آب و پس از بیان نظریات غلط فیلسوفان و حکیمان درباره علت جوشیدن و جریان یافتن قناتها و چشمه‌ها چنین می‌نویسد:
«... حکیم بزرگ اسلام جناب ابوالبرکات بغدادی نظر دیگری در این مساله داشت. وی بر این باور بود که آبهای برف و باران به زمین نفوذ می‌کند و در پرتو نفوذ آنها در زمین، انبارش آبها در منابع طبیعی زیرزمینی فزاینده‌تر و سفره‌های آبی غنی‌تر می‌شود و در نتیجه چشمه‌ها، قناتها و چاه‌های آب به وجود می‌آید. گو اینکه ابوالبرکات این مطلب را از ابن سینا در کتاب نجات گرفته است»[5]
به نظر می‌رسد ابن سینا نیز این موضوع را از قرآن و روایات فهمیده باشد به ویژه از سخنانی که از امام صادق (ع) در این باره نقل کرده‌اند؛ مفضل از عالمان برجسته قرن دوم هجری و از شاگردان امام صادق (ع) از آن حضرت چنین حکایت می‌کند:
«ای مفضل! کوه‌ها برای آدمیان منافع فراوانی دارد یکی از سودمندیهای کوه‌ها آن است که برفها بر آنها قرار می‌گیرند و در قله‌های آنها باقی می‌مانند و به تدریج در زمین نفوذ کرده و چشمه‌های پرآبی را پدید می‌آورند و در پرتو به هم پیوستن همین قناتها و چشمه‌هاست که رودخانه‌های بزرگ و کوچک به وجود می‌آید و به همین دلیل است که دامنه کوه‌ها معمولاً سرسبز و خرم است.»[6]
علی بن ابراهیم در تفسیر آیه 18 سوره مؤمنون از امام صادق (ع) این‌گونه روایت می‌کند:
«آب باران در زمین نفوذ کرده و در آن ذخیره می‌شود و آن گاه به صورت نهرها، چشمه‌ها و چاه‌ها در می‌آید و از آن بهره‌برداری می‌شود»
حضرت علی (ع) نیز سخنی بدین مضمون دارد:
«خداوند متعال چشمه‌سارها را از زمینهای بلند برآورد و آنها را در دشتها و پهنه بیابانها به جریان انداخت...»
در بخشی از دعای باران امام سجاد (ع) نیز به پر شدن چاه‌ها (منابع آب درون زمین) از آب باران اشاره شده است:
«... خدایا! (سرزمین) ما را از بارانی سیراب کن که از تپه‌ها و بلند‌ی‌ها(ی آن) سرازیر گردد و از آن، چاه‌ها را سرشار و لبریز سازی و جوی‌ها را روان کنی...»[7]
4- میان ذخیره‌سازی آب در منابع طبیعی زیرزمینی و روییدن گیاهان و سبزی و خرمی زمین رابطه‌ای وجود دارد.
بدین ترتیب، به غیر از ویترو، که از ابتکار فکری وی به عنوان استثنایی در ازمنه قدیم نقل می‌کنند، در طول قرون متمادی که وحی قرآن را نیز شامل می‌شود انسانها درباره نظام آبها ایده‌های غلطی داشتند. اولین تئوری صحیح در این رابطه، که می‌گوید آب منابع زمین همان آب باران است که درون زمین نفوذ می‌کند، مربوط به قرن هفدهم (یعنی بیش از هزار سال پس از گفته قرآن) می‌باشد
